PPPhoneでは、専用のIDを利用してユーザー間は無料で通話可能で、ルータに接続された端末からも利用できるNAT越えをサポートする。また、isrのWake On Ring技術「PPPush」を採用しており、NTTドコモのPHSデータ通信サービス「@FreeD」対応機種を装着したPDAであれば、外部からの着信時にPDAの電源がオフであっても自動で@FreeDに接続、着信を受けることが可能だという。着信の際の電話番号は@FreeD対応PHSの「070」から始まる番号を利用するが、070番号での発信には対応していない。
PPPhoneの対応PDAは、OSにPocket PC 2002/2003を搭載した機種で、isrでは動作確認機種として東芝製「Genio e550G」「Genio e550GX」、NTTドコモの「Musea」を挙げている。呼制御プロトコルにはSIPを、音声コーデックではG.711/GSMを採用する。