gigabeat専用の音楽転送ソフト「TOSHIBA Audio Application Ver.3.0」でも機能の拡張が図られた。gigabeatのネットワーク対応によりネットワークドライブを認識するほか、gigabeatとパソコンの同期機能、ライブラリの自動生成を可否できる機能が追加された。なお、gigabeatで音楽ファイルを再生するためには暗号化が必要になるため、TOSHIBA Audio Application Ver.3.0、またはWindows Media Player 9を利用して転送する必要がある。